Penubuhan Malayan Union telah mendapat pelbagai tentangan daripada rakyat di Tanah Melayu. Penentangan terhadap Malayan Union begitu kuat sehingga rancangan tersebut tidak dapat dikuat kuasakan sepenuhnya.
Orang Melayu telah melakukan pembantahan terhadap pelaksanaan Malayan Union dan antara bantahan yang telah dilaksanakan oleh orang Melayu adalah dengan menyuarakan bantahan melalui akhbar seperti Utusan Melayu, Majlis dan Warta Negara. Melalui akhbar-akhbar ini juga, keburukan dan kerugian yang akan dialami oleh orang Melayu jika Malayan Union dilaksanakan didedahkan. Akhbar Utusan Melayu pada 12 Oktober 1945 telah mencatatkan :
“..dari pandangan sepintas lalu dapatlah diketahui bahawa cadangan Malayan Union itu menguntungkan orang-orang bukan Melayu. Hal ini amat mencemaskan fikiran dan perasaan orang Melayu mengenai masa depan mereka. Para sultan hendaklah menimbangkan dengan sepenuh hati cadangan Malayan Union ini sebelum menyetujuinya..”
Ramlah Adam, A. H. (2004)
Orang Melayu juga telah melakukan demonstrasi secara damai semasa Sir Harold MacMIchael mendapatkan tandatangan raja-raja Melayu di Kota Bharu, Kelantan dan Alor Setar Kedah bagi menunjukkan penentangan mereka terhadap penubuhan Malayan Union (Zamri Talib, 2008).
Selain itu, sultan-sultan, pembesar-pembesar dan orang-orang Melayu telah menulis surat kepada Raja British dan bekas pegawai British yang pernah berkhidmat di Tanah Melayu memohon sokongan mereka terhadap perjuangan orang Melayu dalam menentang penubuhan Malayan Union. Mereka juga mendesak Kerajaan British dan Pejabat Tanah Jajahan membatalkan rancangan penubuhan MU dan merangka perlembagaan baru yang sesuai dijalankan di Tanah Melayu khususnya yang dapat melindungi kepentingan orang Melayu. Bekas pegawai British tersebut telah menulis dalam akhbar di Britain, terutamanya akhbar Times untuk menyatakan sokongan mereka terhadap perjuangan orang Melayu. Antara bekas pegawai British tersebut ialah Frank Swettenham, Authur Richard, Cecil Clementi, Rolland Braddle dan Winstreadt.
Pada tahun 1946, Dato’ Onn Jaafar telah menyeru orang Melayu untuk berkongres dan menubuhkan United Organization sebagai banteng menentang Malayan Union. Pada 1 hingga 4 Mac 1946, satu kongres Melayu telah dilakukan di Kelab Sultan Sulaiman, Kampung Baru, Kuala Lumpur. Kongres ini telah dihadiri oleh 41 buah persatuan dari seluruh Semenanjung Tanah Melayu. Dalam persidangan tersebut, kongres telah bersetuju untuk menubuhkan United Malay Organization (UMNO). Rapat umu telah dilakukan untuk menunjukkan bantahan mereka terhadap ahli-ahli parlimen British iaitu L.D. Gammans dan David Reese William.
Walaupun mendapat tentangan orang Melayu, British tetap mahu melaksanakan Malayan Union. Pada majlis perlantikan Edward Gent sebagai Garbenor Malayan Union yang pertama, majlis tersebut telah dipulau oleh sultan-sultan Melayu. Ini adalah kerana tindakan orang Melayu yang berhimpun di perkarangan rumah tumpangan yang didiami oleh sultan-sultan Melayu yang sepatutnya menghadiri upacara perlantikan tersebut (Dr. Ismail Said, 2010). Dato’ Onn Jaafar ketika itu telah bertindak sebagai wakil orang Melayu untuk berunding dengan sultan-sultan untuk memulaukan upacara perlantikan tersebut
Pada 28 April 1946, raja-raja Melayu telah berkumpul di Kuala Kangsar untuk menyatakan bantahan mereka kepada ahli-ahli parlimen British (Zamri Talib, 2008). Tindakan tegas orang Melayu menentang British menyebabkan pihak British terpaksa memulakan rundingan dengan raja-raja Melayu dan UMNO.
Kesan daripada penentangan orang Melayu terhadap Malayan Union dan rundingan antara raja-raja dan Umno dengan pihak British, maka terbentuklah Persekutuan Tanah Melayu.
Persekutuan Melayu telah ditubuhkan pada 1 Februari bagi menggantikan Perjanjian Malayan Union dan faktornya adalah kerana ketegasan orang Melayu di bawah pimpinan Dato’ Onn Jaafar menentang Malayan Union.
